1994-95 futbol sezonunda Gümüşhane Amatör Ligi’nde Emniyetspor adıyla şampiyon olan takım Erzincan ve Kayseri’de yapılan 3. Lig’e çıkma terfi maçlarında başarılı olup 3. Lige çıkma hakkı kazanmıştır.

1995-1996 sezonu Emniyetspor’un profesyonellikte ilk yılı olmuş ve Gümüşhaneli Aydın Doğan‘ın destekleriyle lige başlamıştır. Yönetim kurulunun aldığı karara istinaden takım, onursal başkan Aydın Doğan’ın ismini alarak Gümüşhane Doğanspor adıyla 3. Lig’deki mücadelesine devam etmiştir. 1996-97 sezonunda 3. Lig 2. Grup’ta lig 3.lüğü gelmiştir.

1997-1998 futbol sezonu Gümüşhane Doğanspor Kulübünün tarihindeki en parlak sezon olmuştur. Gümüşhane Doğanspor, 2. Lig’e çıkmayı başarmıştır. Ayrıca Türkiye kupasında aynı sezon içinde eşleştiği Aydınspor, Erzincanspor, Orduspor, Erzurumspor ve Kartalspor gibi kendi gruplarının en iyilerini eleme başarısı gösterip altıncı turda tarihinde karşılaşacağı ilk Süper Lig takımı olan Kocaelispor ile eşleşip elenmiştir. 1998-1999 futbol sezonunda 3. Lig’e tekrar düşmüştür. 1999-2000 futbol sezonunda tekrar 2. Lig’e dönen kulüp, 2000-2001 futbol sezonunda 2. Lig’de yaptığı mücadele sonucu ligi 2. sırada tamamlayarak 2. Lig A Kategorisi’ne çıkma başarısını göstermiştir.

2001-2002 futbol sezonunda 2. Lig A Kategorisi’nde mücadele eden takım, sezon sonunda bu ligde kalmayı başarmıştır. Ayrıca bu sezon Türkiye Kupası’nda Akçaabat Sebatspor ile Sivasspor‘u eleyerek yine Süper Lig takımlarından İstanbulspor ile sahasında mücadele etmiş ve penaltılar sonucunda bu kupadan elenmiştir.

2002-2003 sezonunda 2. Lig A Kategorisi’nden 2. Lig B Kategorisi’ne, 2003-2004 sezonunda ise 2. Lig B Kategorisi’nden 3. Lig’e düşmüştür.

2004-2013 arası 3. Ligde mücadele eden Gümüşhanespor, 2012-2013 sezonu Play-off finalinde Kocaeli temsilcisi Darıca Gençlerbirliği‘ni 2-0 yenerek 9 yıl aradan sonra tekrar 2. Lig’e dönmüştür. 2015-2016 sezonunda Play Off finalinde Bandırmaspor‘a, 2016-2017 Play Off finalinde BB Erzurumspor‘a yenilerek, 2017-2018 sezonunda Play Off yarı finalinde Sakaryaspor‘a elenerek 1. Ligin kapısından dönmüştür. 2. Lig Beyaz Grupta mücadelesine devam etmektedir.